Medzi najväčšie devízy obchodovania prostredníctvom parketu Komoditnej burzy Bratislava (KBB) patrí zúčtovací systém. Burza síce priamo nezodpovedá za realizáciu obchodov, ktoré sa uskutočnia na parkete KBB, ale prostredníctvom zúčtovacieho systému poskytuje absolútnu istotu predávajúcemu, že dostane svoje peniaze a kupujúcemu, že obdrží tovar za ktorý si zapalatil.
Na burze fungujú 2 záručno zúčtovacie systémy. V prvom nakupujúci musí zložiť peniaze, predávajúci tovar, potom môžu uzavrieť obchod a následne sa zúčtuje. V druhom nakupujúci a predávajúci zložia 2 % hodnoty kontraktu, následne môžu uzavrieť kontrakt, nakupujúci je následne povinný zložiť peniaze a predávajúci tovar.
Po uzavretí kontraktu je spísaný Závierkový list, ktorý má právnu silu zmluvy a pre zúčastnené strany je dokladom o tom, že sa uzavrel obchod. V tomto momente vstupuje do hry zúčtovacie stredisko. Poslaním tejto finančnej inštitúcie je zabezpečiť 100 % garanciu obom stranám, že obchod prebehne presne podľa podpísaného závierkového listu.
Zúčtovacie stredisko okamžite zinkasuje 2 % zálohu z objemu obchodu ktorý bude zrealizovaný. Následne vyzve kupujúceho, aby zložil finančné prostriedky na účet, ktorý má zúčtovacie stredisko pod dohľadom a na ktorý má spolu podpisové právo. Keď sú peniaze bezpečne na účte vyzve zúčtovacie stredisko druhú stranu obchodu aby zrealizovala dodávku tovaru. Akonáhle je potvrdené, že tovar bol v poriadku doručený, uvoľní zúčtovacie stredisko peniaze z účtu a vráti obom stranám zloženú 2 % záruku. Obchod úspešne prebehol.
V prípade, ak niektorá zo spoločností ustúpi od podpísaného kontraktu nie je možné aby protistrana prišla o svoje peniaze alebo tovar. Ako kompenzáciu je poškodenému obchodníkovi okamžite vyplatená časť prepadnutej zálohy. Okrem toho nasledujú pre stranu, ktorá nedodržala kontrakt sankcie zo strany Komoditnej burzy Bratislava.